Ndryshime të mëdha fonologjike janë një karakteristikë e kësaj periudhe. Dallimi më i shquar është humbja e Jōdai Tokushu Kanazukai, i cili dallon mes dy llojeve të -i, -e, dhe -o. Ndërsa fillimet e kësaj humbje tashmë mund të shihet në fund të Japanese vjetër, ajo është humbur plotësisht në fillim të Japanese Early Mesme. Fonemët e fundit që do të humbasin janë / ko1 / dhe / ko2 /. Gjatë shekullit të 10-të, dhe / ose / shkrihen në / jë / ndërsa / o / dhe / wo / shkrihen në / wo / nga shekulli i 11-të. Një rritje e kredive kineze kishte një numër efektesh fonologjike:
Grupet palatare dhe labuan konsonant të tilla si / kw / and / kj / Hundë heshtak [ɴ] Gjatësia u bë një tipar fonetik me zhvillimin e zanoreve të gjata dhe konsonantëve të gjatë
Zhvillimi i konsonantëve hundës hynore dhe geminuar ndodhi në fund të periudhës Heian dhe solli futjen e rrokjeve të mbyllura (CVC). Ndryshime të tjera përfshijnë:
